Uma das maiores desvantagens é o enorme custo das barragens, o longo tempo de construção e o impacto ambiental que elas provocam. Muitas vezes as albufeiras criadas submergem vales, encostas e por vezes até localidades.
Nem sempre a água existe com mais abundância nos locais onde é mais necessária.
Muitas das vezes a água existente não tem qualidade para ser aplicada num determinado fim que lhe era destinado.
